Offre de Thèse financée – Aix-Marseille Université
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Dr Josselin Lupette Chaire de Professeur Junior - Aix-Marseille Université Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (BIAM) équipe Luminy Génétique et Biophysique des Plantes (LGBP) 163, Avenue de Luminy 13009 Marseille, France Josselin.Lupette@univ-amu.fr
Offer details
FR: Offre de thèse financée : « Rôle de l’autophagie dans l’allocation du carbone chez des eucaryotes photosynthétiques à plaste secondaire »
Informations générales :
Responsables du projet de thèse : Dr Josselin LUPETTE (Chaire de Professeur Junior) et Pr Stefano CAFFARRI (professeur des universités HDR)
Ecole Doctorale : École Doctorale 658 Sciences du Vivant – Aix-Marseille Université
Date de début : 1er octobre 2026
Date de fin : 30 septembre 2029
Lieu : Faculté des Sciences de Luminy, Marseille, France
Contexte scientifique :
Le changement climatique, conséquence des émissions de gaz à effet de serre depuis la Révolution industrielle, impose un défi urgent pour la capture durable du carbone. Les micro-organismes photosynthétiques assurent près de la moitié de la production primaire mondiale et constituent donc des plateformes prometteuses pour limiter la teneur atmosphérique en CO₂ et la production d’énergie renouvelable. Cependant, le contrôle du devenir intracellulaire du carbone fixé reste largement méconnu. L’autophagie, voie de dégradation et de recyclage hautement conservée chez les eucaryotes, pourrait jouer un rôle clé en réallouant les ressources cellulaires pour soutenir la biosynthèse lipidique et orienter la répartition du carbone entre maintien métabolique et stockage. Étudier cette intégration métabolique dans des eucaryotes photosynthétiques présentant un plaste secondaire pourrait révéler de nouveaux principes de régulation cellulaire et renforcer l’utilisation des microalgues comme plateformes durables pour la production de bioressources et la capture de CO₂.
Activités de recherche :
Le doctorant ou la doctorante mènera un projet de recherche visant à établir le rôle de l’autophagie dans l’allocation du carbone chez des organismes eucaryotes photosynthétiques issus d’une endosymbiose secondaire. Dans ce cadre, les activités de recherche incluront :
- Culture cellulaire (microalgues, Arabidopsis thaliana)
- Ingénierie génétique et biologie moléculaire
- Approches chimiopharmacologiques
- Caractérisations physiologiques (physiologie, biochimie, biologie cellulaire, imagerie, fractionnement subcellulaire)
- Approches à grande échelle (-omiques)
- Analyse, traitement et interprétation de données expérimentales (statistiques, bioinformatique)
- Mise au point et optimisation de protocoles expérimentaux
- Veille scientifique et analyse bibliographique
- Rédaction d’une revue bibliographique et d’articles scientifiques
- Présentation des résultats lors de réunions d’équipe
- Participation à des séminaires et à des congrès scientifiques nationaux et internationaux (communications orales et affichées)
- Participation à l’encadrement ponctuel de stagiaires (Licence, Master)
- Implication dans la vie collective du laboratoire (réunions, gestion des équipements, etc.)
Profil recherché :
Le candidat sera titulaire d’un Master 2 ou d’un diplôme d’ingénieur en biologie végétale, biologie marine, génomique ou génétique fonctionnelle des organismes photosynthétiques, avec une forte appétence pour le travail expérimental en laboratoire. De solides connaissances en biologie moléculaire et en biochimie sont attendues. Des compétences complémentaires en biologie cellulaire, bioinformatique, analyse de données ou imagerie cellulaire seront appréciées. Le candidat devra présenter un profil rigoureux, curieux et organisé, lui permettant d’acquérir progressivement une autonomie scientifique au cours du doctorat. Un esprit d’analyse, un sens critique, une aptitude à résoudre des problèmes, ainsi qu’un goût pour le travail en équipe seront essentiels. Une bonne communication scientifique, à l’écrit comme à l’oral, de la motivation, de la persévérance et un esprit d’initiative constitueront également des atouts importants pour mener à bien ce projet de recherche.
Environnement scientifique :
Ce projet de thèse est financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) dans le cadre d’une Chaire de Professeur Junior (CPJ) portant sur la transition environnementale et les énergies décarbonées. Le doctorat se déroulera au sein de l’Institut des Biosciences et Biotechnologies d’Aix-Marseille (UMR 7265 CEA/CNRS/Aix-Marseille Université ; BIAM). Les activités scientifiques du BIAM, réparties sur deux sites (CEA Cadarache à Saint-Paul-lez-Durance et Faculté des Sciences de Luminy à Marseille), portent sur les réponses des organismes vivants aux contraintes environnementales et sur les mécanismes de conversion de l’énergie lumineuse en biomasse à haute valeur énergétique, valorisable dans les domaines de l’environnement, de la santé ou des bioénergies. Le doctorant sera rattaché à l’équipe Luminy Génétique et Biophysique des Plantes (LGBP) sur le campus de la Faculté des Sciences de Marseille-Luminy. L’expertise du LGBP couvre l’acclimatation des organismes photosynthétiques à leur environnement, la signalisation cellulaire, la génétique et la photosynthèse. Le projet impliquera des déplacements sur le site du BIAM au CEA Cadarache pour la réalisation d’expérimentations, ainsi que des collaborations locales avec des laboratoires et plateformes de recherche membres de l’Institut de Microbiologie, Bioénergies et Biotechnologie (IM2B), et des collaborations nationales et internationales. Le doctorant recruté pourra bénéficier du Plinius Cursus, un programme interdisciplinaire et professionnalisant qui complète la formation doctorale par des séminaires, des ateliers pratiques et des opportunités internationales, renforçant les compétences scientifiques et transversales.
Rémunération :
Depuis le 1er janvier 2026, la rémunération brute mensuelle d’un doctorant est de 2300 euros/mois.
Candidature :
Pour candidater, merci d’envoyer votre candidature (CV, lettre de motivation, relevés de notes, contacts de deux référent(e)s) dans un fichier unique nommé NOM_Prénom.pdf et envoyé à l’adresse électronique : Josselin.Lupette@univ-amu.fr. La date limite de candidature est fixée au 31 mai 2026.
ENG: Funded PhD Position: « Role of autophagy in carbon allocation in photosynthetic eukaryotes with secondary plastids»
General Information:
Project Supervisors: Dr. Josselin LUPETTE (Tenure-track Junior Professor Chair) & Prof. Stefano CAFFARRI (Full Professor, HDR)
Doctoral School: ED 658 Life Sciences – Aix-Marseille University
Start Date: October 1st, 2026
End Date: September 30th, 2029
Location: Faculty of Sciences of Luminy, Marseille, France
Scientific Context:
Climate change, a consequence of greenhouse gas emissions since the Industrial Revolution, presents an urgent challenge for sustainable carbon capture. Photosynthetic microorganisms account for nearly half of global primary production and therefore represent promising platforms for reducing atmospheric CO₂ levels and producing renewable energy. However, the intracellular fate of fixed carbon remains largely unknown. Autophagy, a highly conserved degradation and recycling pathway in eukaryotes, may play a key role in reallocating cellular resources to support lipid biosynthesis and direct carbon partitioning between metabolic maintenance and storage. Studying this metabolic integration in photosynthetic eukaryotes with a secondary plastid could reveal new principles of cellular regulation and enhance the use of microalgae as sustainable platforms for bioresource production and CO₂ capture.
Research activities:
The PhD candidate will conduct a research project aimed at investigating the role of autophagy in carbon allocation in photosynthetic eukaryotic organisms derived from secondary endosymbiosis. In this context, the research activities will include:
- Cell culture (microalgae, Arabidopsis thaliana)
- Genetic engineering and molecular biology
- Chemopharmacological approaches
- Physiological characterization (physiology, biochemistry, cell biology, imaging, subcellular fractionation)
- Large-scale approaches (-omics)
- Analysis, processing, and interpretation of experimental data (statistics, bioinformatics)
- Development and optimization of experimental protocols
- Scientific literature monitoring and bibliographic analysis
- Writing a literature review and scientific articles
- Presentation of results at team meetings
- Participation in national and international scientific seminars and conferences (oral and poster presentations)
- Participation in the supervision of undergraduate and Master’s students
- Involvement in the collective activities of the laboratory (meetings, equipment management, etc.)
Candidate Profile:
The candidate should hold a Master’s degree (Master 2) or an engineering degree in plant biology, marine biology, genomics, or functional genetics of photosynthetic organisms, with a strong interest in experimental laboratory work. Solid knowledge of molecular biology and biochemistry is expected. Additional skills in cell biology, bioinformatics, data analysis, or cellular imaging would be appreciated. The candidate should demonstrate a rigorous, curious, and well-organized profile, enabling them to progressively gain scientific independence during the PhD. Analytical thinking, critical thinking, problem-solving skills, as well as the ability to work in a team will be essential. Good scientific communication skills, both written and oral, along with motivation, perseverance, and initiative will also be important assets for successfully carrying out this research project.
Scientific Environment:
This PhD project is funded by the French National Research Agency (ANR) within the framework of a Junior Professor Chair (CPJ) focusing on environmental transition and low-carbon energies. The doctoral research will take place at the Aix-Marseille Institute of Biosciences and Biotechnology (UMR 7265 CEA/CNRS/Aix-Marseille University; BIAM). The scientific activities of BIAM, spread across two sites (CEA Cadarache in Saint-Paul-lez-Durance and the Faculty of Sciences of Luminy in Marseille), focus on the responses of living organisms to environmental constraints and on the mechanisms of converting light energy into high-value biomass, with potential applications in environmental protection, health, and bioenergy. The PhD student will be affiliated with the Luminy Plant Genetics and Biophysics (LGBP) team on the campus of the Faculty of Sciences in Marseille-Luminy. LGBP’s expertise covers the acclimation of photosynthetic organisms to their environment, cellular signaling, genetics, and photosynthesis. The project will involve travel to the BIAM site at CEA Cadarache for experimental work, as well as local collaborations with laboratories and research platforms belonging to the Institute of Microbiology, Bioenergy and Biotechnology (IM2B), and national and international collaborations. The recruited PhD student will also have access to the Plinius Cursus, an interdisciplinary and professionalizing program that complements the doctoral training with seminars, practical workshops, and international opportunities, enhancing both scientific and transferable skills.
Salary:
Since January 1st, 2026, the monthly gross salary for a PhD student is €2,300.
Application:
To apply, please send your application (CV, motivation letter, transcripts, and contact details of two referees) in a single PDF file named LASTNAME_Firstname.pdf to: Josselin.Lupette@univ-amu.fr. Applications must be submitted before May 31st, 2026.