RESISTANCE A L’HYPOXIE CHEZ LA TRUITE ARC-EN-CIEL : DECRYPTAGE DU ROLE DE L’AUTOPHAGIE MEDIEE PAR LES PROTEINES CHAPERONNES
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Iban SEILIEZ 05.59.51.59.99 iban.seiliez@inrae.fr
Détails de l'offre
Directeur de Thèse : Iban SEILIEZ (DR2, iban.seiliez@inrae.fr)
Unité d’affectation : UMR1419 INRAE NuMeA, St Pée-sur-Nivelle
Date d’entrée en fonction : 01/10/2025
Durée : 36 mois
Salaire mensuel brut : 2100 €
Financement : ½ Université de Pau et des Pays de l’Adour + ½ INRAE PHASE
SUJET DE THESE
La croissance démographique mondiale, qui devrait porter la population à 9,7 milliards d’habitants d’ici 2050, pose un défi majeur pour garantir un approvisionnement alimentaire durable. L’aquaculture, qui fournit déjà 56% des poissons consommés dans le monde, jouera très certainement un rôle clé dans la réponse à ce défi. Cependant, le changement climatique menace la durabilité de ce secteur, confronté à des phénomènes tels que la hausse des températures, l’acidification et l’hypoxie des milieux d’élevage. Dans ce contexte, un des enjeux majeurs est de faire progresser notre compréhension des mécanismes de réponse au stress cellulaire, qui intègrent les signaux de stress environnementaux et permettent aux organismes de s’adapter, afin de développer de nouvelles stratégies permettant d’accroitre la robustesse des animaux et garantir une production stable.
L’un de ces mécanismes, l’autophagie médiée par les chaperonnes (ou CMA pour Chaperone-Mediated Autophagy), est une voie majeure du catabolisme lysosomale, régulant des processus critiques tels que le contrôle de la qualité des protéines, la transcription et le métabolisme énergétique. Récemment, la CMA a été identifiée comme essentielle à la survie cellulaire en conditions d’hypoxie dans divers modèles, offrant une cible prometteuse pour protéger les organismes en milieux pauvres en oxygène.
Dans ce cadre, nous proposons d’étudier la régulation et le rôle de la CMA chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) en conditions d’hypoxie, et d’explorer son potentiel pour améliorer la résistance des poissons grâce à des stratégies nutritionnelles ciblées. Les résultats attendus permettront d’approfondir nos connaissances sur la CMA et de déterminer l’importance de cette voie de réponse au stress cellulaire dans l’élaboration de nouvelles stratégies d’élevage garantes d’une production aquacole durable dans un contexte de changements globaux.
ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL
Les recherches réalisées au sein de l’UMR1419 NuMeA sont conduites dans un contexte de raréfaction des ressources marines, d’essor de l’aquaculture au niveau mondial et de changement climatique, qui menace la durabilité de ce secteur. Elles ont pour objectif de faire progresser notre compréhension des mécanismes cellulaires et moléculaire de contrôle (notamment nutritionnel) des grandes fonctions métaboliques et de la croissance chez les poissons. L’enjeu de ces recherches sont de fournir des aliments sains et nutritifs à la population et de respecter la durabilité et le bien-être animal.
Dans ce contexte, les recherches menées par l’équipe d’Iban SEILIEZ visent à améliorer notre compréhension du contrôle de l’autophagie et de son rôle dans la régulation du métabolisme chez les poissons. L’autophagie, un processus hautement conservé au cours de l’évolution, sert de mécanisme de résilience cellulaire, intégrant les signaux de stress environnemental et facilitant l’adaptation de l’organisme. L’étude et l’évaluation des réponses de l’autophagie en cas de stress environnemental sont donc d’une importance capitale pour identifier des stratégies d’élevage susceptibles d’accroître la robustesse des animaux et de garantir ainsi une production plus stable et plus prévisible. Pour atteindre ces objectifs, nous adoptons une approche multidimensionnelle combinant des études in vivo et in vitro, enrichies par des technologies de pointe telles que l’imagerie de fluorescence à super-résolution, l’édition des gènes via CRISPR-Cas9 et les analyses protéomiques.
Publications représentatives
- Goguet M, Vélez EJ, Schnebert S, Dias K, Véron V, Depincé A, Beaumatin F, Herpin A, Seiliez I. (2024). The zebrafish as a new model for studying chaperone-mediated autophagy unveils its role in spermatogenesis. bioRxiv, Revisions in progress for publication in Nat Commun.
- Schnebert S, Vélez EJ, Goguet M, Dias K, Véron V, García-Pérez I, Radler L, Cardona E, Fontagné-Dicharry S, Van Delft P, Dittrich-Domergue F, Bernard A., Beaumatin F, Herpin A, Cleveland B, Seiliez I. (2024). Chaperone-Mediated Autophagy in Fish: A Key Function Amid a Changing Environment, Autophagy Rep, 3:1, 2403956.
- Vélez EJ, Schnebert S, Goguet M, Balbuena-Pecino S, Dias K, Beauclair L, Fontagné-Dicharry S, Véron V, Depincé A, Beaumatin F, Herpin A, Seiliez I. Chaperone-mediated autophagy protects against hyperglycemic stress. Autophagy. 2023 Oct 5:1-17.
- Tesseraud S, Avril P, Bonnet M, Bonnieu A, Cassar-Malek I, Chabi B, Dessauge F, Gabillard JC, Perruchot MH, Seiliez I. Autophagy in farm animals: current knowledge and future challenges. Autophagy. 2021 Aug;17(8):1809-1827.
- Lescat L, Véron V, Mourot B, Péron S, Chenais N, Dias K, Riera-Heredia N, Beaumatin F, Pinel K, Priault M, Panserat S, Salin B, Guiguen Y, Bobe J, Herpin A, Seiliez I. Chaperone-Mediated Autophagy in the Light of Evolution: Insight from Fish. Mol Biol Evol. 2020 Oct 1;37(10):2887-2899.
- Séité S, Pioche T, Ory N, Plagnes-Juan E, Panserat S, Seiliez I. The Autophagic Flux Inhibitor Bafilomycine A1 Affects the Expression of Intermediary Metabolism-Related Genes in Trout Hepatocytes. Front Physiol. 2019 Mar 18;10:263.
FORMATIONS ET COMPETENCES RECHERCHEES
Le (la) candidat(e) sélectionné(e) devra être titulaire d’un diplôme d’ingénieur ou d’un Master 2 ou équivalent avec une formation initiale en biologie moléculaire et cellulaire ainsi qu’en biochimie.
De bonnes compétences en communication orale et écrite en français et anglais sont essentielles. Autonomie, sens de l’organisation et rigueur méthodologique sont également indispensables.
CONSTITUTION DU DOSSIER DE CANDIDATURE
CV ; lettre de motivation ; relevé de notes et classements en Master ; lettre de recommandation et coordonnées de 2-3 références.
DATE LIMITE POUR POSTULER : 01/06/2025